شيوه عمل آقای خلخالی اعتراض های زيادی را نه فقط از جانب مخالفان و منتقدان انقلاب اسلامی بلکه از سوی اعضای دولت موقت و برخی چهره های انقلابی نزديک به آيت الله خمينی برانگيخت.

آقای خلخالی که اين مخالفت ها را مانعی بر سر راه خود می ديد، به آيت الله خمينی شکوه کرده و به گفته خودش اينگونه از آيت الله خمينی پاسخ شنيد: "هركس در مقابل شما ايستاد همين طور يقه اش را می گيری و كنارش می اندازی. من با اتكاء به همين حمايت های جدی كار خودم را ادامه می دادم و به آنها می گفتم امام فهميده حكم را به چه كسی بدهد و من يك قدم از انجام وظيفه ام عقب نشينی نمی كنم."

آقای خلخالی فقط به محاکمه و اعدام بازماندگان حکومت پهلوی نپرداخت و برخورد با گروه های مخالف جمهوری اسلامی مانند

http://www.radiozamaneh.org/special/2007/02/post_129.html

خشم انقلابی و سنگ‌های طاغوت
بسیاری از تحلیل گران انقلاب، چه موافق و چه مخالف، جشن‌های دو هزار پانصد ساله شاهنشاهی در دهه پنجاه را، به دلیل خرج و مخارج هنگفت و سرسام‌آور آن، دلیل آغاز پاره‌ای اعتراضات و مخالفت‌ها با حکومت پهلوی می دانند. آن سخنرانی معروف محمدرضا شاه مقابل مقبره کوروش در پاسارگاد و رژه سربازان هخامنشی از مقابل پلکان اصلی تخت جمشید، در حقیقت عاملی بود که در ذهن برخی از انقلابیون، میراث امپراتوری‌های پیشین و به‌ویژه دوره هخامنشی، با خطاهای دوره پهلوی شریک قلمداد شدند
و به این ترتیب بود که بلافاصله پس از انقلاب، آیت‌الله خلخالی به همراه عده‌ای، به قصد نابود کردن مظاهر طاغوت، به سمت تخت جمشید حرکت می کند.
با این حال یکی از نکات قابل ذکر این دوره، صدور اعلامیه‌ای به امضای آیت‌الله طالقانی است که اموال و اشياء داخل کاخ‌های سلطنتی را متعلق به مردم می‌داند و نسبت به تخریب، یا غارت آنها هشدار می دهد. به همین دلیل گزارش‌های رسمی بسیار اندکی از تخریب یا سرقت از کاخ‌های سلطنتی در روزهای اول انقلاب در دست است

..http://gamoh.org/farsi/farsca/xalxali-tumac.html

صادق خلخالی و قتل رهبران ترکمن

خلخالی : چهار تن از رهبران ترکمنصحرا را خودم کشتم!

یکی از سیاهترین  صفحات تاریخ زندگی صادق خلخالی دستور قتل و کشتار "رهبران ترکمن" در جنگ گنبد بود
خلخالی که در سال های پس از انقلاب حاکم شرع بود و بعد ها تحت فشار افکار عمومی مجبور به اعتراف شد و از نیمی از حقیقت پرده برداشت و گفت که اعدام رهبران ترکمن بنا به دستور مستقیم خمینی بوده است.

این ادعای وی از سوی رئیس جمهور وقت بنی صدر نیز در طی مصاحبه ایکه با یکی از جراید ایرانی خارج از کشور انجام گرفت، تائید شد، لیکن خلخالی حتی در بستر مرگ نیز تمام ماجرا را بیان نساخت. وی که با تزریق مسکن های بسیار قوی آرام نمی گرفت گفته می شود که در بستر بیماری آرزوی مرگ می کرد.

http://bijan-safsari.com/2004/06/blog-post_108789301576493286.html
يک پند و يک خاطره از ملاقات خلخالی با هويدا

ميگويند در اوايل انقلاب ، آن زمان كه به باوري خوش ، سرمست از فروريختن نظام پادشاهي در اين كهنه ديار بوديم ، و سران رژيم گذشته ، كه مجال فرارنداشتند واز وحشت خشم ملت به گوشه اي پنهان می شدند،ولی عاقبت توسط مردم شناسايی وسپس آنها را به زندان مي بردند تا به مجازات رسانند ، روزي از همان روز ها ، كه سراني چند از نظام فرو ريخته ي پادشاهي ، در زندان بسر مي بردند،مردي از انقلاب به ديدار هويدا ، آن نخست وزيرشاه رفت، كه درزندان در سلولي تنگ ،به انتظارعقوبت سيزده سال نخست وزيري خود نشسته بود،در آن ديدار تاريخي ، مرد انقلابي از هويدا مي پرسد، در اين لحظات آخر چه خواسته اي داري ؟ بگو تا اگر ميسر بود انجامش دهيم،

هويدا گفت ، هيچ چيز جز آنكه چون چاق هستم ، ميخواهم به سلولي بروم كه كمي بزركتر از سلول فعلي كه در آن هستم ، باشد . مرد انقلابي به طعنه ميگويد ، اين سلولها را خودتان ساختيد ، هويدا لبخندي ميزند و ميگويد ، بله ، اما شما سعي كنيد سلولهايي را كه مي سازيد بزرگتر باشد چون شما هم مثل من چاق هستيد.

امروز پس ازگذشت 25 سال از آن ملاقات ، در خبر ها آمده است كه شيخ صادق خلخالي ، آن مرد انقلابي ، كه روزگاري نامش لرزه بر اندامها مي انداخت ، چشم از جهان فرو بست بي آنكه ذره اي از آنچه كرده بود پشيمان و نادم بوده باشد آنچنانكه هيچگاه هم به معناي آنچه هويدا ، در آن ملاقات به او گفته بود ، پي نبرد زيرا به سلول تنگ گرفتار نيامد تا از عذابش با خبر باشد اما بي گمان ديگر مردان انقلاب كه با او هم رزم بودند، آنهائيكه به زندان افتاده اند ، امروز به خوبي پي به معناي آنچه هويدا گفت، برده اند كه خاطره ي آن ملاقات تاريخی ، تا به امروز بی گمان در ياد شان مانده استhttp://hezbemihan.org/Mihan/Emtiyaz.htm

اين هم از طنز های تلخ تاريخ است که پدران فکری انقلابی ايرانی که جهان اعراب مسلمان را به شدت تحت تآثير قرار داد خود از اعراب ثآثير گرفته بودند، يعنی ايرانی ها اينبار نيز چون هميشه چيزی را از اعراب اخذ کرده و با تغييراتی مجددآ آنرا به خودشان صادر کردند، مهدی بازرگان (نهضت آزادی) سخت تحت تآثير شخصيت جمال عبد الناصر (غير عرب پان عربيست) بود، علی شريعتی به شدت مجذوب فرانتس فانون و مبارزات استقلال طلبانه الجزايری ها، آيت الله روح الله خمينی ملهم از مبارزات ناسيوناليستی فلسطينی ها بر سر خاکشان ( وی آن مبارزات ناسيوناليستی را مصادره به مطلوب کرده و بدان نام نهضت اسلامی مردم فلسطين داد)، چپ های انقلابی ايران هم تآثير پذيرفته و بعضآ تعليم ديده ژرژ حبش کمونيست فلسطينی و ساف ناسيوناليست و بخش عمده ای از مذهبی های بعدآ مارکسيست! ما هم شديدآ تحت تآثير مبارزات الجزايریها بودند و راهبران فکری آنها، بويژه افکار تند و انقلابی یکی از تئوریسینهای معروف الجزایر به نام عمار اوزگان،  مارکسیست ناسیوناليست دو آتشه ای که کتابی را نوشته بود به نام "افضل الجهاد" (برترين جهاد ) که توسط سازمان مجاهدين در سالهای پايانی دهه چهل از عربی به ف
ارسی ترجمه و بطور مخفی در دانشگاهها پخش شد، مخصوصآ دانشگاه صنعتی آريامهر(شريف). آثار فرانتس فانون هم که سیاهپوستی بود که به انقلاب الجزایر پیوسته بود و در واقع تئوریسین انقلاب بود برای چپ های ما منبع الهامی بزرگ بود. اول مجاهدين و چپ ها از فانون با نام "چه گوارا"ی شرق ياد می کردند. اين نکته مضحک اما خونبار را نيز بياورم که حتی شيخ صادق خلخالی جلاد معروف هم بسان علی شريعتی  از جمله مريدان فرانتس فانون بود که کشتن هر اروپايی را زدن دو نشانه با يک تير می دانست. خلخالي در کتاب خود می نويسد که من حاكم شرع بودم در دادگاه انقلاب و 500 نفر جاني ؛ خيانتكار ؛ دزد و مملكت فروش را كشته ام . . . اما ديگر بهار اعدامها! تمام شده و الان خزان اعدامهاست؛ ... اگر كسي بخواهد حقوق بشر را بشناسد بايد به كتابهاي فرانتس فانون رجوع کند تا چهره های سياه و كريه اين صورتك های زشت برايش روشن بشود . شيخ صادق خلخالی كتاب خود را با اين نقل قول تمام  ميکند ( به قول فرانتس فانون انقلاب فرزندان صادق خود را ميخورد ؛ چه رسد به من كه اسمم صادق است ! ). .